在军事用途中，通常使用投掷方式，将电磁脉冲发生器运送到敌人阵地上，构成对敌人电子设备的毁伤性威胁。据美国的新闻报道，美军正研制能够用巡航导弹运载的电磁脉冲弹头以便对目标进行远程精确的打击，并在海湾战争和科索沃战争中都曾经使用过试验性的弹头。下面介绍高能微波电磁脉冲武器在战场中常用的几个方面。
攻击舰载电子设备
在现代使用的舰艇上，各类电子设备云集。舰艇上有通信导航系统、警戒雷达和火控雷达系统、各种武器控制系统、自己电子对抗系统及整个作战指挥系统。由于这些电子系统的云集给电磁脉冲武器提供了极好的机会。如果采用巡航导弹或机载脉冲弹，对舰艇进行电磁攻击，则可大量的破坏舰艇上的电子设备，从而使舰艇失去进攻和防御能力，必定处于被动挨打的困境之中。
攻击发电厂
发电厂是产生电力的场所，他有许多电子设备对电厂各发电设备状况进行监控，电厂有很多输电网络，整个输电网络连接各种军用和民用设施，利用巡航导弹或飞机投掷高能微波武器。其一可以破坏发电厂中的电子设备，使发电厂无法正常工作；其二高能微波电磁脉冲武器所产生的强大电流通过电网传送出去，在很大程度上能破坏在该电网上用电的设备，使很大范围内的各种设备失去正常工作，达到抑制对方的目的。
攻击对方机场
在现代战争中夺取制空权是赢得战争胜利的关键，对敌方机场进行有效攻击是压制敌方空中力量的重要措施。一般来说，军用机场都不太大，但都集中部署了各种雷达，不同频段的通信设备、导航系统、供油自动控制系统以及机场状态安全监控系统的防护能力也较弱，受到强的电磁脉冲攻击也很容易失效。在机场中往往都停放很多未飞行的飞机，这些飞机受到强电磁脉冲的攻击也会失去正常工作能力。因此用高功率微波武器实行对敌方机场的攻击也是消除制空权的有效措施。
攻击敌机
利用高能量的电磁脉冲发射装置制作成跟踪雷达的发射系统就可以有效地跟踪远区入侵的敌机。该发射装置也产生巨大的电磁能量，但和高能微波弹武器5有着不同之处，该发射装置发出的电磁能量通过一个聚能天线发射出去，他具有一定的方向性，因此可以在较远的距离上跟踪敌方的飞机直至摧毁飞机的电子设备，使飞机失去战斗力甚至坠毁，达到抑制对方的目的。该种定向瞄准式高能微波电磁脉冲武器主要用来防御入侵的空中目标。